Archipelagos 2000 es un remake del original de 1989. La historia oficial es la misma que la historia europea del Archipelagos original. Tu trabajo es explorar varias tierras en las que todo el mundo ha sido asesinado y la tierra envenenada, y limpiar la tierra y traer la paz a la gente enterrada allí.
Toda la jugabilidad es la misma, sólo ha cambiado el entorno del juego. Todo está representado en auténtico 3D, desde los árboles venenosos hasta las olas del agua. La única mejora en la jugabilidad es que ahora los jugadores pueden mirar hacia arriba y hacia abajo, así como hacia la izquierda y la derecha.