Bubble and Squeak comienza de forma similar a muchos otros juegos de plataformas. Controlando a un niño calvo, te mueves a través de una serie de salientes que se desplazan, evitando el contacto con los asquerosos que sueltan monedas cuando se les dispara. También hay zonas ocultas que encontrar.
A mitad del primero de los 30 niveles, conoces a Squeak y comienza la naturaleza completa del juego. Squeak es un alienígena azul, al que también hay que guiar por los niveles. Como no puede saltar tan alto como tú, a veces hay que indicarle que espere mientras tú pulsas un interruptor o resuelves el rompecabezas de cómo guiarlo. Si te pones encima de Squeak puedes lanzarte en un salto extra alto.
El modo burbuja es un equivalente al modo Super Mario: te permite saltar más alto, correr más rápido y disparar armamento más letal (burbujas en este caso). Se activa colocando una moneda en una máquina de Bubblegum, y saltando después a la espalda de Squeak.
Entre los niveles principales de plataformas hay secciones de disparos laterales que tienen lugar bajo el agua; al completarlas se obtienen bonificaciones.
