Project Xenoclone es un shooter 3D de ciencia-ficción con vista cenital y cámara en movimiento, similar a Alien Shooter. Está ambientado en una estación de tren abandonada con un laboratorio secreto de biotecnología donde se realizan peligrosos experimentos. Tras un terrible accidente, la mayoría de la gente ha muerto y hay criaturas mutantes y mortales por todas partes.
El jugador toma el control de los supervivientes David, que es guardia de seguridad, y Julia, una joven doctora. Los supervivientes tienen un arma de energía especial. Utiliza munición obtenida de los cadáveres de los monstruos. Los monstruos son de dos tipos principales, rojos y azules, con diferentes tipos de munición. Un arma especial secundaria se carga automáticamente (pero muy lentamente), y mata a todos los monstruos en la pantalla.
En cada nivel, el jugador tiene que encontrar objetos especiales/activar botones y sobrevivir entre los monstruos que aparecen. La misión es descubrir el secreto del Proyecto Xenoclone.
